Criada em março de 1948, por iniciativa de um grupo de empresários liderado pelo jornalista Jaime Câmara, nasceu com o objetivo de amparar as lutas do empresariado goiano e ao mesmo tempo conferir-lhe poder de voz junto à Confederação Nacional do Comércio (CNC). Seu reconhecimento por Carta Ministerial se deu ainda no mês de março daquele ano e a instalação dois meses depois.
A Fecomércio reúne 33 sindicatos de diferentes segmentos e contabiliza ao longo de sua trajetória diversas conquistas, merecendo destaque na história do Estado. Em mais de meio século de atuação, sempre trabalhou no sentido de incentivar o crescimento empresarial, defendendo a livre iniciativa e estimulando o desenvolvimento do mercado interno e das micro, pequenas, médias e grandes empresas.
Na busca desses objetivos, a Federação do Comércio tem levado seu ponto de vista ao governo, posicionando-se em relação às reformas do Estado, sugerindo um sistema tributário justo e combatendo práticas desleais no comércio, setor que, como nenhum outro, tem enorme potencial para a geração de empregos.
A Fecomércio é responsável também pela administração, em âmbito estadual, do Serviço Social do Comércio (Sesc) e do Serviço Nacional de Aprendizagem Comercial (Senac), instituições privadas e sem fins lucrativos. Juntas, as três instituições formam o Sistema Federação do Comércio do Estado de Goiás/Sesc/Senac, mantido integralmente pela classe empresarial do comércio, sem ônus para os empregados ou para os cofres públicos.
